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The traceability of Eucalyptus clones using molecular markers
Silvae Genetica ( IF 1 ) Pub Date : 2021-01-01 , DOI: 10.2478/sg-2021-0019
Diego Torres-Dini 1 , Leonardo Delgado-Cerrone 2 , Lorena Luna 3 , Fernando Resquin 1 , Ananda Virginia Aguiar 4 , Alexandre Magno Sebbenn 5
Affiliation  

Abstract The improvement of Eucalyptus clones plays a crucial role in modern silviculture. This study used a set of 17 microsatellite loci to analyze the genetic diversity and structure of 107 elite clones (80 E. grandis and 27 E. globulus). All clones were cultivated in Uruguay and were sourced from three different providers. Using the fingerprinting technique, an exclusive molecular profile was assigned for each clone, and the genotyping reaction showed differences between the two species. The cumulative probability of identifying two random individuals that share the same genotype (PI) with all 17 loci, was estimated as low for E. grandis (1.18×10-15) and E. globulus (4.03×10-14). The combined PIsibs was (1.05×10-5) and (2.17×10-5) for E. grandis and E. globulus, respectively. A total of 180 alleles were detected for E. grandis and 100 for E. globulus. We found a high mean number of alleles per locus (10 for E. grandis and 6 for E. globulus), and the results for mean polymorphic information content (PIC ) were (0.648) and (0.548), respectively. The observed heterozygosity (Ho ) ranged from 0.216 to 0.838 (mean = 0.509) for E. grandis and 0 to 1 (mean = 0.566) for E. globulus. Two core sets of seven EST-SSR loci were identified for each species. These markers revealed unambiguous fragment amplification, providing a minimum number of SSRs for effective clonal identification. The genetic structure analysis suggests that the germplasm of the E. grandis population is structured in four clusters, while the E. globulus population consists of two clusters.

中文翻译:

桉树克隆的可追溯性使用分子标记

摘要 桉树无性系的改良在现代造林中起着至关重要的作用。本研究使用一组 17 个微卫星位点来分析 107 个精英克隆(80 个大 E. globulus 和 27 个 E. globulus)的遗传多样性和结构。所有克隆都在乌拉圭种植,并来自三个不同的供应商。使用指纹技术,为每个克隆分配了一个独特的分子谱,基因分型反应显示了两个物种之间的差异。对于大肠埃希菌 (1.18×10-15) 和球状肠球菌 (4.03×10-14),识别出与所有 17 个基因座具有相同基因型 (PI) 的两个随机个体的累积概率估计为低。E. grandis 和 E. globulus 的组合 PIsib 分别为 (1.05×10-5) 和 (2.17×10-5)。共检测到 180 个大肠杆菌等位基因。Grandis 和 E. globulus 为 100。我们发现每个基因座的等位基因平均数很高(大肠埃希菌为 10 个,球状肠球菌为 6 个),平均多态信息含量 (PIC) 的结果分别为 (0.648) 和 (0.548)。观察到的杂合度 (Ho ) 范围为 E. grandis 的 0.216 到 0.838(平均值 = 0.509)和 E. globulus 的 0 到 1(平均值 = 0.566)。为每个物种鉴定了两组核心,每组七个 EST-SSR 基因座。这些标记揭示了明确的片段扩增,为有效的克隆鉴定提供了最少数量的 SSR。遗传结构分析表明,大肠球菌种群的种质由四个簇构成,而球状球菌种群由两个簇组成。globulus 的 grandis 和 6),平均多态信息含量 (PIC) 的结果分别为 (0.648) 和 (0.548)。观察到的杂合度 (Ho ) 范围为 E. grandis 的 0.216 到 0.838(平均值 = 0.509)和 E. globulus 的 0 到 1(平均值 = 0.566)。为每个物种鉴定了两组核心,每组七个 EST-SSR 基因座。这些标记揭示了明确的片段扩增,为有效的克隆鉴定提供了最少数量的 SSR。遗传结构分析表明,大肠球菌种群的种质由四个簇构成,而球状球菌种群由两个簇组成。globulus 的 grandis 和 6),平均多态信息含量 (PIC) 的结果分别为 (0.648) 和 (0.548)。观察到的杂合度 (Ho ) 范围为 E. grandis 的 0.216 到 0.838(平均值 = 0.509)和 E. globulus 的 0 到 1(平均值 = 0.566)。为每个物种鉴定了两组核心,每组七个 EST-SSR 基因座。这些标记揭示了明确的片段扩增,为有效的克隆鉴定提供了最少数量的 SSR。遗传结构分析表明,大肠球菌种群的种质由四个簇构成,而球状球菌种群由两个簇组成。E. grandis 为 838(平均值 = 0.509),E. globulus 为 0 到 1(平均值 = 0.566)。为每个物种鉴定了两组核心,每组七个 EST-SSR 基因座。这些标记揭示了明确的片段扩增,为有效的克隆鉴定提供了最少数量的 SSR。遗传结构分析表明,大肠球菌种群的种质由四个簇构成,而球状球菌种群由两个簇组成。E. grandis 为 838(平均值 = 0.509),E. globulus 为 0 到 1(平均值 = 0.566)。为每个物种鉴定了两组核心,每组七个 EST-SSR 基因座。这些标记揭示了明确的片段扩增,为有效的克隆鉴定提供了最少数量的 SSR。遗传结构分析表明,大肠球菌种群的种质由四个簇构成,而球状球菌种群由两个簇组成。
更新日期:2021-01-01
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