Here we demonstrate that the large language model GPT-4 can accurately annotate cell types using marker gene information in single-cell RNA sequencing analysis. When evaluated across hundreds of tissue and cell types, GPT-4 generates cell type annotations exhibiting strong concordance with manual annotations. This capability can considerably reduce the effort and expertise required for cell type annotation. Additionally, we have developed an R software package GPTCelltype for GPT-4’s automated cell type annotation.

中文翻译：

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评估 GPT-4 在单细胞 RNA-seq 分析中的细胞类型注释

在这里，我们证明大语言模型 GPT-4 可以在单细胞 RNA 测序分析中使用标记基因信息准确注释细胞类型。当对数百种组织和细胞类型进行评估时，GPT-4 生成的细胞类型注释与手动注释表现出很强的一致性。此功能可以大大减少细胞类型注释所需的工作量和专业知识。此外，我们还开发了 R 软件包 GPTCelltype，用于 GPT-4 的自动细胞类型注释。